Egresada del Centro de Capacitación Cinematográfica. Su cortometraje De este mundo recibió el premio a mejor cortometraje en el Festival de Cine de Guanajuato y el Premio CANACINE en 2011. Su cortometraje de tesis, 400 maletas, fue seleccionado y premia- do en diversos festivales y foros de cine. Entre ellos destacan la selección al Editing Studio del Berlinale Talents 2013. En 2015 recibió la nominación al Ariel como mejor cortometraje de ficción y la nominación al Oscar estudiantil en la categoría extranjera.

En 2014, junto a otros cineastas, fundó la compañía EnAguas Cine, que desarrolló y produjo el largometraje Los días más oscuros de nosotras, dirigido por Astrid Rondero. Este proyecto recibió fondos y apoyos del FONCA, el IMCINE, el Gabriel Figueroa Film Fund, el Script Station del Berlinale Talents, el Tribeca Film Institute, el Women in Film Finishing Fund, entre otros. La película se estrenó en el Festival Internacional de Cine de Los Cabos, donde obtuvo una mención especial del jurado.

Fernanda también colabora con Chulada Films, produciendo el segundo largometraje documental de Dalia Reyes: Ráfagas Serranas.

En 2020 estrenó su ópera prima Sin Señas Particulares, la cual fue acreedora al Premio del público y Mejor guión en la World Dramatic Competition en el Festival de Sundance; también obtuvo el Premio Horizontes Latinos y Premio Cooperación Española en el Festival de Cine de San Sebastián; fue nominada y ganadora al Ariel en 2021 por Mejor dirección.

En 2024 regresa al Festival de Sundance para presentar Sujo, en co-dirección con Astrid Rondero, esta vez ganando el premio a Mejor Película Internacional.